制藥廠潔凈室空調系統的高能耗的主要表現在兩個方面：其一是制冷負荷。各類制冷負荷主要有新風、風機溫升、工藝設備、圍護結構、照明、人員等。其中以新風負荷大，藥廠新風需要滿足人員舒適度要求，維持正壓和彌補排風量。其二是運行負荷，為滿足潔凈和工藝排風需求，藥廠潔凈室風量通常比一般舒適性空調間大很多，另外為了克服多級過濾的要求，藥廠送排風機的動力也會比一般舒適性空調間大很多。
減少制冷負荷措施：
1、適宜的溫濕度的設計
GMP規定藥廠潔凈室的生產條件是18~26相對濕度45%~65%。這條規定對相對濕度的定義基于這樣一個標準，過高容易長霉菌，不利于潔凈環境要求，過低容易產生靜電，使人體感覺不適。但是根據生產實際情況，只有少數工藝（如內包外包，制丸區域）對溫度或者相對濕度有一定要求，其他區域（如走廊，清洗間，稱重間）均著眼于操作人員的舒適感。從人員操作的習慣來說，夏天溫度可以從24?C提高到26?C，冬天可以控制在20?C左右。冬季，在不影響人員舒適度的前提下，相對濕度從55%下降到40%，則節能效果是很明顯的。
2、適宜的換氣次數設計
《醫藥工業潔凈廠房設計規范》對普通潔凈區換氣次數的指導值是每小時10~15次，但是該標準已經執行超過50年了，近些年來，無論從潔凈建筑墻體、吊頂、室內工藝設備還是操作人員的潔凈服裝都有了很大的進步，在建筑標準較高的外資制藥車間，依賴于良好的運行情況，可以適當考慮減少換氣次數以達到節能的效果。
減少運行負荷的措施：
1、減少風機，電機溫升負荷的設計
凈化空調器把電機外置可以在一定程度上可以減少產塵量和風機溫升。
2、新排風系統的變風量控制系統的設計
藥廠空調系統需要補充大量新風的主要原因之一是有設備的局部排風，但局部排風裝置并非全天運行，所以可以根據排風量變化或室內正壓的變化，不斷調節新風量，以維持室內正壓。
3、待機工況的設計
對于藥廠潔凈室，考慮到運行時，維修時和下班時的不同，或者工作任務飽滿和空閑時的不同，除了在單臺風機的風量調節上進行控制之外，也可考慮采用多臺風機，通過臺數的不同進行分步控制風量。