1、人工擦拭法：即人用潔凈室擦布和純水對潔凈室的地、墻、頂以及家具和設備表面進行擦拭。這種清掃方法較為*。
2、分散式真空吸塵法：一般此方法只適用于低級別（1000級、10000級、100,000級）亂流潔凈室。方法簡單、靈活、方便，每天下班后均可采用此方法清掃。但由于移動式真空吸塵器內的圓筒形過濾器的效率比較低（≥99.5%，≥0.5µm），因此不適用在別的潔凈室。一般情況500 m²潔凈室可設兩臺吸塵器，每增加500 m²增加一臺，zui多不超過10臺。
3、集中式真空吸塵法：集中式真空吸塵是一個由吸塵口、管網、集中吸塵泵、除塵器組成的系統。吸塵泵和除塵器設在專門的機房內，因噪聲極大，機房不但要遠離廠房和辦公區，而且還要適當地作隔聲消聲處理。吸塵泵應有備用不應少于2臺。系統的管道宜用無縫鋼管焊接聯接暗裝敷設。其彎頭曲率半徑為4 ~ 6d煨彎不得折皺，三通夾角要小于45º，不應有四通（可由2個三通組合），水平管道的坡度為3‰，坡向立管和吸塵點，拐彎處宜設清掃口。系統末端為吸塵口，平時有蓋密封，使用時開蓋插入吸塵軟管進行吸塵。一般吸塵軟管作用半徑為8米，每個系統同時工作的吸塵口為4~5個，每個吸塵口的風量為150m³/時。
集中式真空吸塵不會影響室內的潔凈度，因此，集中式真空吸塵方法多用在級別較高（100級、10級、1級），面積較大的潔凈室中。
潔凈室的清掃制度在一般情況下，每班（每天）小清掃一次；每周中清掃一次，每月大清掃一次。并且要設專人負責管理、監督和檢查。還要有一定的培訓制度。