凈化空調工程機房設備包括制冷機組、組合式凈化空調機組、水泵、軟水器等。對于中小型工程，通常把上述設備布置在一個機房內，對于大型工程或特殊用途的工程，通常把空氣處理機組和制冷機組分設于不同的機房。
在醫院潔凈手術部工程中，由于其用途的特殊性，氣流組織的特殊性，通常把空氣處理機組設置于手術部上面的技術夾層內，這樣便于布置風管。而把制冷機組、水泵等設備設于地下建筑內的空調機房。該制冷機房的布置同中央空調制冷機房一樣。
《醫院潔凈手術部建筑技術規范》（GB 50333-2002）規定，I、II級潔凈手術室應每間采用獨立凈化空調系統，III、IV級潔凈手術室可2～3間合用一個系統，新風可采用集中系統，各手術室應設獨立排風系統。由此可見，位于手術室上部的空調機房，由于組合式凈化空調機組臺數很多，其布置的合理與否，直接影響到管路的布置、預留洞口的多少及運行管理。在設計時，應畫出機房設備平面布置圖、機房設備管道平面布置圖、機房設備基礎圖、留洞圖、必要的剖面圖、打樣圖等。機房設備平面布置是結合手術部設備管道平面布置圖來進行的。當把手術部各潔凈室的凈化送風口、回風口布置好后，根據規范要求，進行系統劃分。用風管連接系統中的風口，在這個過程中，每個系統的送、回風總管位置的確定，需參照頂部技術夾層中組合式凈化空調機組的位置進行調整。因為技術夾層中土建構造柱的影響，各機組的布置會收到限制。因此，機組位置及下面手術部各對應系統總風管位置的確定應反復調整，才能合理定位。否則，會影響風管的布置。當二者的位置確定好后，根據各系統送、回風主管的位置，就可確定出機房地板上的開洞位置及大小。各系統的送、回風總管可以共用一個洞口穿過樓板，也可以分開設置，視具體情況而定。前者洞口少且尺寸大，后者洞口多而尺寸小，各有利弊。通常以分開設置為宜，這樣便于管道的布置。通過上述方法，把組合式凈化空調機組定位后，就可確定新風機組的位置。新風機組的位置應結合新風口的位置、該新風機組所負擔的系統機組的位置及構造柱的位置來確定，后用1：100的比例畫出施工圖。
對于中小型凈化工程，通常把組合式凈化空調機組、制冷機組、水泵等設備置于同一機房內。在布置設備時，應考慮管道連接順暢，運行管理方便。視覺感受舒服等因素。
凈化空調工程的機房在驗收時比一般空調工程的機房要求嚴格，施工安裝及平時的維護管理都要求進行驗證。所以，在設備布置時，既要考慮管線布置順暢、運行管理方便，還要考慮美觀。